В HTML - верх вставляются, как правило, все скрипты изменяющие дизайн форума, вроде добавления фона, убирание "обьявления" и все в таком духе. Такие скрипты будут загружаться в самом начале при открытии странички.
В HTML - низ вставляются скрипты добавляющие различные функции к форуму, вроде статистики или допалнительных кодов.
В форму ответа тоже можно вставлять скрипты, такие скрипты будут обрабатываться раньше HTML - верха, но будут работать, как правило, только с этой самой формой ответа. То есть не рекомендуется сюда пихать скрипт добавляющий статистику на форум, ибо форма ответа есть не на всем форуме, а лиш в топиках, а статистика нужна только на главной страничке.